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Krankenkassen haben eine ungleiche Versichertenstruktur: Einige haben überdurchschnittlich viele gut verdienende und gesunde Versicherte, andere versichern überdurchschnittlich viele kranke Menschen und Beitragszahler mit niedrigem Einkommen. Seit 1994 gibt es einen Ausgleich dieser Risikounterschiede zwischen den Krankenkassen, den sogenannten Risikostrukturausgleich in der gesetzlichen Krankenversicherung (RSA). Er ist in einem wettbewerblich organisierten System von Krankenkassen mit freiem Kassenwahlrecht der Versicherten zwingend erforderlich, um faire/gleiche Wettbewerbsbedingungen für die Marktteilnehmer (Krankenkassen) zu gewährleisten. Vor 2009 hat der RSA diese Unterschiede unzureichend berücksichtigt. Die Morbidität der Versicherten wurde nur indirekt erfasst, und zwar über die Merkmale Alter, Geschlecht und Bezug einer Rente wegen Erwerbsminderung. Für die Jahre 2002 bis 2008 wurden ergänzend auch chronisch Kranke gesondert berücksichtigt, wenn sie in einem zugelassenen, strukturierten Behandlungsprogramm (Disease-Management-Programm, DMP) eingeschrieben waren.
Mit dem GKV-Wettbewerbsstärkungsgesetz wurde das Verfahren des RSA ab dem 1. Januar 2009 neu ausgestaltet und darüber hinaus durch die gleichzeitige Einführung des Gesundheitsfonds vereinfacht. Über den Gesundheitsfonds werden zum einen die Unterschiede in den beitragspflichtigen Einnahmen zwischen den Mitgliedern der Krankenkassen vollständig ausgeglichen. Zum anderen werden im neuen, morbiditätsorientierten RSA nicht nur die Merkmale Alter, Geschlecht und Bezug einer Erwerbsminderungsrente, sondern auch der unterschiedlich hohe Versorgungsbedarf von Versicherten mit einer kostenintensiven chronischen oder schwerwiegenden Krankheit berücksichtigt. Für Versicherte, die eine von 80 ausgewählten Krankheiten haben, erhalten die Krankenkassen mehr Zuweisungen als für Versicherte, bei denen eine solche kostenintensive oder schwerwiegende Krankheit nicht vorliegt.
Den Krankenkassen sollen so durch den Gesundheitsfonds gezielt die Mittel zugewiesen werden, die sie benötigen, um die unterschiedlich hohen Leistungsausgaben ihrer Versicherten zu decken.
Im Jahr 2011 hat der Wissenschaftliche Beirat beim Bundesversicherungsamt die Wirkungen des RSA geprüft. Er ist in seinem Bericht zu dem Ergebnis gekommen, dass der neue RSA zielgenauer als der bis 2008 geltende Alt-RSA wirkt und die Berücksichtigung der Morbidität der Versicherten zu einer deutlichen Verbesserung bei der Deckung der durchschnittlichen Leistungsausgaben der Krankenkassen geführt hat.
