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Insbesondere zwei Prinzipien regeln das Zusammenspiel innerhalb eines Ministeriums: Jeder Einheit ist ein sachlicher Zuständigkeitsbereich zugeordnet (Referatsstruktur) und der Verkehr zwischen den Einheiten läuft über den Dienstweg, das heißt Kommunikation findet grundsätzlich über die vorgesetzte Instanz und nicht direkt statt (Hierarchieprinzip).
Die Gemeinsame Geschäftsordnung der Bundesministerien (GGO) beschreibt das Referat als tragende Einheit im Aufbau eines Ministeriums. Dem Referat ist die erste Entscheidung in allen Angelegenheiten seines jeweiligen Zuständigkeitsbereichs zugewiesen. Die darüber liegende Organisationseinheit ist die Abteilung bzw. Unterabteilung.
Für bestimmte Aufgaben mit Bezug zur Leitung der Bundesbehörde können in deren Aufbau auch Organisationseinheiten mit Stabsfunktion, so genannte Stabstellen, eingerichtet werden. Referate und ihre übergeordneten Abteilungen bilden die Arbeits- bzw. Abteilungsebene, die darüber angesiedelten Positionen ergeben die Leitungsebene.
